Napadom su zapovijedale dvije operativne grupe (OG) – OG Sjever i OG Jug. Za napad sa sjevernog dijela Vukovarske bojišnice iz pravca Borova Sela i Trpinje bila je zadužena OG Sjever, a za napad iz južnog dijela Vukovarske bojišnice iz pravca Negoslavaca i srijemskog trokuta bila je zadužena OG Jug. Granica razdvajanja ovih operativnih grupa bio je Bobotski kanal.
Operativna grupa Sjever - OG Sjever imala je za desnu granicu zone odgovornosti državnu granicu sa Mađarskom, lijeva granica bio je Bobotski kanal. Zapovjednik OG Sjever i 12. Korpusa (Novosadski) do konca listopada bio je general Mladen Bratić (poginuo 4. studenog 1991. na mostu na rijeci Vuki od minobacačkog udara hrvatskih branitelja Vukovara, osmotrili ga i poželjeli mu „dobrodošlicu“ u Vukovar sa nekoliko MB mina).
Do tog vremena OG Sjever imala je velike gubitke u ljudstvu i tehnici - osobito je bio uništen velik broj tenkova i oklopnih transportera, osobito na taktičkom pravcu Trpinja – Borovo Naselje. Krajem listopada zapovijedanje strategijskom napadnom operacijom preuzeo je general Života Panić zapovjednik 1. VO (vojne oblasti), koji nakon što je snimio situaciju na terenu, i razuvjerio se da dio snaga „nije ušao niti u Vinkovce a niti u Osijek“ i da je sve to jako daleko od istine, u što je bio uvjeren čitajući izvješća od svojih podređenih, procijenio je da se stvari u području odgovornosti OG Sjever ne odvijaju kako treba te je zapovjedio silovit udar tenkovima iz smjera bršadinskog silosa prema Dunavu i da Bratić osobno nadzire raspored i napredovanje svojih tenkova. U tom napadu Bratić je poginuo.
Bratića je zamijenio general Andrija Biorčević koji je preuzeo zapovijedanje OG Sjever i 12. Korpusom, i zapovijedao sa tim snagama do kraja operacije. Radilo se o nesposobnom oficiru, sklonom alkoholu, pijanduri, koja se otvoreno divila četnicima, a osobito je obožavao ratnog zločinca Željka Ražnjatovića Arkana, kojeg je tijekom zajedničkih pijančevanja i derneka navodio za primjer svojim oficirima kod kojih nije uživao ugled i povjerenje (V.Vrbanac; S. Antolašić, Strategijska obrambena operacija 91. / 92. godine, Osijek, 2021.g)
Operativna grupa Sjever bila je sastavljena od slijedećih snaga neprijatelja: 453.mbr (iz Sremske Mitrovice bez 1. i 2. mb ) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); 211. okbr (Niš bez 3. okb) iz sastava 21. Korpusa (Niški); gardijska mtbr (sa Dedinja / Beograd bez 1.okb) samostalna; 51. mbr (Pančevo) iz sastava 17. Korpusa (Tuzlanski);; dijelovi 36. mbr (Subotica) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); 16. artiljerijski puk (Ruma) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); 18. mtbr (Nov Sad, jako aktivna u napadima oko i na Borovo Naselje) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); 12. mbr (Osijek, jako aktivna u napadima oko i na Osijek) iz sastava 17. Korpusa (Tuzlanski); iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); Panonska partizanska brigada TO-a (teritorijalna obrana).
U početnoj fazi napada kao osnova operativne grupe Sjever bile su angažirane 51. mehanizirana brigada iz sastava 17. Korpusa (Tuzlanski) koja je bila raspoređena u Baranji; dio 18. proleterske motorizirane brigade glavna snaga u napadima oko i na Borovo Naselje) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski);; dio 211. oklopne brigade iz sastava 21. Korpusa (Niški); Panonska partizanska brigada TO-a. dva odreda dobrovoljaca iz TO Srbije, te paravojna četnička skupina Željka Ražnjatovića Arkana.
Jedno vrijeme u sastavu grupe bio je 366. dopunski bataljun i dio 401. lakog artiljerijskog puka PZO.
U završnoj fazi napada operativne grupe Sjever bile su angažirane snage – mehanizirani bataljun iz sastava 211. oklopne brigade; mehanizirani bataljun iz 36. mehanizirane brigade; 51. mehanizirane brigade; bataljun iz sastava 80. motorizirane brigade; Omladinski bataljun; dijelovi 305. inženjerijske brigade; TO Vojvodine/Srbije – odred TO-a Niš, odred TO-a Sremska Mitrovica, odred TO-a Subotica, i odred TO-a Kula.
Operativna grupa Jug - OG Jug desna granica zone odgovornosti protezala se duž Bobotskog kanala, a lijeva granica duž rijeke Save i granice sa BiH. Zapovjednik OG Jug do 08. listopada bio je pukovnik Bajo Bojat, a naslijedio ga je pukovnik Mile Mrkšić zapovjednik gardijske motorizirane brigade – glavne udarne snage u napadu na Vukovar, optuženi i osuđeni ratni zločinac.
Operativna grupa Jug bila je sastavljena od slijedećih snaga neprijatelja: 1. i 2. mb / 453. mbr (iz Sremske Mitrovice bez 3. mb ) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); 3. okb / 211. okbr (iz Niša) iz sastava 21. Korpusa (Niški); 1. okb / Gardijska mtbr (Dedinje iz Beograda bez 1. okb ) samostalna; mehanizirana četa (-1 vod) / 1. okb / 1. gmbr (Voždovac iz Beograda) iz sastava 1. Korpusa (Beogradski); 1. okb / 544. mtbr (iz Šabca) iz sastava 12. Korpusa (Novosadski); Artiljerijski puk (iz Kragujevca) iz sastava 1. Korpusa (Beogradski); 3.gmbr. (iz Požarevca) iz sastava 1. Korpusa (Beogradski); 2.gmbr. (iz Valjeva) iz sastava 1. Korpusa (Beogradski); 252. okbr. (iz Kraljevo) iz sastava 37. Korpusa (Užički); 20. Partizanski divizion i 46. Partizanski divizion iz sastava 1. VO; pridodane su znatne snage TO-a tzv. SAO Krajine ustrojene od Srba pretežno iz okolice Vukovara i sa prostora Istočne Slavonije; i veliki broj paravojnih, četničkih i dragovoljačkih odreda iz Srbije.
Slabosti srpskih paravojnih postrojbi i postrojbi tzv. JNA-a u napadu na Vukovar i Istočnu Slavoniju:Pogreške srpskih paravojnih postrojbi i postrojbi tzv. JNA-a u napadu na Vukovar i Istočnu Slavoniju: Snage neprijatelja a posebice tzv. JNA bili su usmjereni na prostor, a ne na hrvatske branitelje, a iz toga načela proizlazi i kasnije favoriziranje vatre, odnosno inferiornost manevra u odnosu prema vatri. Tijekom Domovinskog rata 1991. – 95.g srpske paravojne postrojbe i postrojbe tzv. JNA-a često su koristile manevar kao način za postizanje pozicijske prednosti – ali samo kako bi se što bolje iskoristio prostor da bi se isporučila vatra. Operativne zapovijedi uglavnom su posvećene davanju uputa podređenima za to koji prostor zauzeti, držati, kontrolirati ili općenito koristiti, a ne koju formaciju ili postrojbu HV poraziti, neutralizirati, uništiti, vezati ili blokirati.
Slabosti neprijatelja u bitci za Vukovar
Pored narečenih slabosti kod neprijatelja je bilo i puno organizacijskih grešaka i propusta u bitci za Vukovar koje je zapovjedništvo obrane Vukovara sa hrvatskim braniteljima znalo prepoznati i iskoristiti, a ogledaju se u: nije postojala dobra koordinacija između različitih grupa angažiranih (privatne, stranačke, tzv. JNA i druge vojske i oružane skupine) na Istočnoslavnskom bojištu; unutar tzv. JNA bilo je problema u uspostavi jedinstvenog i objedinjenog zapovjednog lanca između različitih korpusa i brigada, a unutar četničkih, dobrovoljačkih, paravojnih postrojbi pobunjenih srba i milicije bila je jako loša organizacija, i nedisciplina (pijani i alkoholizirani, i genocidni – pa ih je tzv. JNA koristila za pokolje, egzekucije i druge ratne zločine) i zaslijepljenost ideološkom mržnjom prema Hrvatima, dok međusobni zapovjedni lanac nije funkcionirao.